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本季始于X档案被终结，穆德与史考莉分别被派给不同的任务，但穆德仍时时注意任何有关X档案的案件，并常找史考莉帮忙。由于演员吉莲·安德森怀孕，制作人将剧情发展成斯卡琳被外星人绑架，消失了一集。当然，那时候吉莲·安德森去医院生产了。最终史考莉被秘密组织送回到一家医院，自此以后，X档案进入一新阶段。这季主要仍围着不可解释的超自然现象及外星人打转，结束于穆德因过分接近真相而遭迫害，千里迢迢到新墨西哥寻找证据，却被特种部队袭击生死不明。